Grazie alla sua ottima acustica naturale, ulteriormente valorizzata grazie alla costruzione di una camera acustica in legno, il Teatro Comunale di Ferrara è stato più volte scelto come sede di incisione da prestigiose case discografiche quali Deutsche Grammophon, Virgin e Teldec e da grandi interpreti.
In ambito operistico Claudio Abbado e Sir John Eliot Gardiner qui hanno registrato il Barbiere di Siviglia di Rossini, Don Giovanni e Così fan tutte di Mozart.
Tra le altre incisioni più significative citiamo quella, vincitrice di un Grammy Award, dedicata ai Concerti di Beethoven interpretati dalla Mahler Chamber Orchestra e Martha Argerich sotto la bacchetta di Claudio Abbado (Deutsche Grammophon, 2002;) l’album con la Mahler Chamber Orchestra, Claudio Abbado e Kolja Blacher interpreti del Concerto per violino di Alban Berg (Deutsche Grammophon, 2005); un CD dedicato alla musica di Arvo Pärt eseguita dalla Mahler Chamber Orchestra e dal Coro Latvija diretti da Toñu Kaljuste (ECM, 2006;) un CD con la Mahler Chamber Orchestra, Kolja Blacher e Claudio Abbado interpreti del Concerto per violino di Kurt Weill (Deutsche Grammophon, 2007); un album che ha per protagonista la giovanissima pianista cinese Yuja Wang accompagnata dalla Mahler Chamber Orchestra diretta da Claudio Abbado (Deutsche Grammophon, 2010); un CD di prossima pubblicazione con la Mahler Chamber Orchestra, Steven Isserlis e Daniel Harding (Hyperion Records, 2012) .