Ferrara Musica svolge la propria attività principale all'interno del Teatro Comunale di Ferrara.
L'edificio, voluto dal Cardinale Carafa e realizzato da Antonio Foschini, venne inaugurato nel 1798 e per i suoi interni di raffinata eleganza e la perfetta acustica della sala è conosciuto come uno dei più begli esempi di teatro "all'italiana".
Dopo il completamento dei restauri iniziati nel 1987, il 27 aprile 1989 il Teatro Comunale è stato riaperto al pubblico con il primo concerto organizzato da Ferrara Musica, che ha visto protagonisti la Chamber Orchestra of Europe diretta da Claudio Abbado e la pianista Maria João Pires.
In seguito al sisma che nella primavera del 2012 colpì duramente Ferrara e costrinse alla chiusura del Teatro, Ferrara Musica è stata sommersa di attestazioni di solidarietà da parte delle più grandi istituzioni musicali di tutto il mondo. Claudio Abbado, in particolare, in accordo con la direzione del Festival di Lucerna, volle dare un segno di solidarietà tangibile dedicando alla città un concerto straordinario: a capo della prestigiosa Lucerne Festival Orchestra, solista Maurizio Pollini, inaugurò la stagione 2012/13 di Ferrara Musica contribuendo in modo sostanziale alla riapertura al pubblico del Teatro.
Altri concerti organizzati da Ferrara Musica si tengono nella suggestiva cornice del Torrione San Giovanni, dove ha luogo la rassegna OFF realizzata in collaborazione con il Jazz Club Ferrara, e in alcuni storici palazzi ferraresi come Palazzo Schifanoia e Palazzo Bonaccossi, sede della raffinata serie Musica a Palazzo.
Dal 1998 Ferrara Musica ha siglato un accordo con Rai RadioTre, suo media partner, che prevede la trasmissione radiofonica dei concerti della Mahler Chamber Orchestra, orchestra residente di Ferrara Musica.